医院在编护士长考取执业助理医师后自行在基层诊所注册，医院知晓后需结合其行为性质及相关规定处理。
医院知晓后可根据不同情况采取相应处理措施。
1. 若护士长未申请变更执业地点且未获医院同意：护士长作为医院在编人员，其执业活动需遵守医院规章制度，未经批准在外部诊所注册并执业可能构成违规，医院可依据内部人事管理制度进行警告、通报批评等处分。
2. 若护士长申请变更执业地点但未通过医院审批：医院可与护士长沟通，了解其注册诊所的原因，若涉及违反劳动合同约定，可按合同条款处理，如要求其限期整改或解除劳动合同。
3. 若护士长注册诊所的行为影响医院工作安排：医院可根据实际情况调整其工作岗位，或要求其在规定时间内停止外部执业活动，否则按旷工或严重违纪处理。
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针对医院对自行在基层诊所注册的在编护士长的处理，需依据相关法律法规。
根据《中华人民共和国执业医师法》第十四条规定：“医师经注册后，可以在医疗、预防、保健机构中按照注册的执业地点、执业类别、执业范围执业，从事相应的医疗、预防、保健业务。未经医师注册取得执业证书，不得从事医师执业活动。” 护士长作为执业助理医师，其注册地点应与实际执业地点一致。若其未在医院同意下自行在基层诊所注册，违反了医师注册管理规定。同时，根据《事业单位人事管理条例》第二十八条，事业单位工作人员有违反职业道德、社会公德等行为的，给予处分。医院可依据上述法律规定，对护士长的违规注册行为进行处理，要求其纠正注册地点或给予相应处分。

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