公司分两次发工资，一部分公司转、一部分个人转，可能存在以下法律风险：1.公司被税务机关处罚的风险：若公司未将个人转款部分申报个税，税务机关查实后会责令补缴税款，并处以少缴税款50%以上5倍以下的罚款。例如：某公司每月通过公司账户发5000元（申报个税）、老板个人账户发3000元（未申报），一年少缴个税1440元，税务机关可处720元至7200元罚款。2.员工承担补税风险：若公司未申报个人转款部分的个税，税务机关可能要求员工补缴税款（虽员工可向公司追偿，但会增加维权成本）。例如：员工每月实际工资8000元，公司仅申报5000元，员工需补缴（8000-5000）×3%×12=1080元个税。
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针对“公司分两次发工资，一部分公司转、一部分个人转”的情况，以下是常见的错误操作行为：1.忽视个税申报核对：未通过个人所得税APP查询申报收入，导致公司长期漏报个税而未察觉，错过维权时机。2.随意删除转款记录：将个人转款的工资记录删除，后续发现漏税时无法提供完整证据，影响维权效果。3.盲目与公司对峙：未收集证据就直接与公司争吵，可能打草惊蛇，导致公司销毁证据或修改申报记录。若您已出现类似错误，建议尽快弥补证据缺陷，并咨询律师制定专业的维权方案。
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针对“公司分两次发工资，一部分公司转、一部分个人转是否算漏税”的直接回复，可依据《个人所得税法》和《税收征收管理法》的相关规定进行分析：《中华人民共和国个人所得税法》第九条规定：“个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。”《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条规定：“纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。”若公司将工资拆分，仅对“公司转”部分申报个税，未将“个人转”的工资收入计入总额，属于“不列、少列收入”的虚假申报行为，符合偷税的构成要件；若公司已将两部分收入合并申报，则未违反上述规定，不构成漏税。
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公司分两次发工资，一部分公司转、一部分个人转，存在以下特殊情况或例外情形：1.个人转款为合法免税项目：若个人转款部分是差旅费报销、误餐补贴、独生子女补贴等依法免税的项目，且公司已将工资部分足额申报，则不构成漏税。例如：公司每月通过公司账户发6000元（申报个税），财务个人账户发500元误餐补贴（免税），属于合法操作。2.员工与公司约定的特殊薪酬结构：若员工与公司书面约定部分工资通过个人转款发放，且公司已将全部收入申报个税，也不构成漏税。但需注意，此类约定需符合税法规定，不得为逃避个税而拆分。3.公司为临时资金周转的短期行为：若公司因账户临时冻结等特殊原因，短期通过个人转款发放工资，且事后补申报个税，一般不会被认定为漏税，但需提供资金周转的证明材料。

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